Возвышение князей сыграло свою роль в падении сёгунов из дома Минамото и их фактических правителей из дома Ходзё: в результате длительных усобиц верх взял бывший вассал Ходзё Асикага, который в 1335 г. провозгласил себя сёгуном и потомки которого управляли Японией до 1573 г.

Сёгунат Асикага не был периодом мира и процветания. Напротив, усилились феодальные междоусобицы, особенно с начала XV в. Против Асикага восставали то один, то другой из влиятельных домов, а в 1467 – 1477 гг. разгорелась в стране настоящая война (война годов Онин), в ходе которой укрепили свое положение некоторые даймё, занявшие ключевые позиции в Японии (всего таких домов до начала войны годов Онин насчитывалось 260; многие из них в ходе усобиц погибли). Власть сёгунов практически стала номинальной, а Япония на рубеже XV – XVI вв. практически распалась на несколько частей. В этих условиях почти постоянных войн и сопровождавшей их разрухи усилился экономический кризис. Резко возросло количество крестьянских восстаний, причем к крестьянам теперь нередко примыкали разорившиеся самураи (их низшая прослойка – кокудзин) или странствующие рыцари, самураи-ронины (не имевшие господина), а порой и городская беднота. Все это привело к тому, что в середине XVI в. в Японии, практически не было центрального правительства, ни сёгунского, ни императорского. В этих-то сложных условиях вновь встал нелегкий вопрос об объединении страны.

Реализация этой задачи связана с именами едва ли не наиболее известных исторических деятелей Японии – Ода Нобунага, Тоётоми Хидэёси и Токугава Иэясу. В обстановке всеобщих усобиц честолюбивый Ода сумел одного за другим одолеть нескольких даймё и в 1573 г. свергнуть последнего сёгуна из дома Асикага. Одним из наиболее ожесточенных противников Ода в этой борьбе оказались буддийские монастыри, что сыграло немалую роль в определении политического курса Ода по отношению к христианству.

Первые христиане появились в Японии в 40-х годах XVI в. вместе с португальскими купцами. Затем в Японию прибыли миссионеры-иезуиты, в том числе знаменитый Франциск Ксавье. Их усилиями христианская религия в крайне выгодных для укоренения на островах Японии условиях ожесточенных междоусобиц стала распространяться довольно быстрыми темпами: уже в 1580 г. в стране было около 150 тыс. христиан, а также 200 церквей и 5 семинарий; к началу XVII в. христиан было около 700 тыс. Этому способствовала, в частности, и политика южных даймё, заинтересованных в португальской торговле и, главное, в обладании огнестрельным оружием, доставка, а затем и производство которого в Японии были налажены именно католиками-португальцами.

В 80-х годах XVI в. Ода овладел уже половиной провинций страны, включая столицу Киото, и провел ряд реформ, направленных на ликвидацию политической и экономической раздробленности, на развитие городов и торговли, но под верховным контролем власти (в частности, в 1568 г. был лишен своей автономии торговый город Сакаи). После убийства Ода в 1582 г. власть попала в руки его помощника Тоётоми Хидэёси, выходца из крестьян. Хидэёси сумел завершить дело объединения страны и даже лелеял мечту расширить свою власть за счет завоеваний на континенте. Неудачи экспедиции в Корею похоронили эти мечты. Однако внутренние реформы дали немалый эффект. Была усилена централизованная власть, укреплен контроль за городами и торговлей, уделено внимание земельной реформе, целью которой было закрепить земли за крестьянами, способными исправно платить налоги в казну государства. В отличие от Ода новый правитель выступил против чрезмерно усилившихся, по его мнению, иезуитов и вообще христиан. В 1587 г. он даже издал было указ об изгнании иностранных миссионеров, португальцев и испанцев, и организовал преследование японцев-христиан, включая уничтожение церквей и издававших церковную литературу типографий. Но успеха это не дало, ибо преследуемые укрывались под надежной защитой принявших христианство мятежных южных даймё. После смерти Тоетоми Хидэёси в 1598 г. власть оказалась в руках одного из его сподвижников Токугава Изясу, который сумел одолеть соперников и в 1603 г. провозгласил себя сёгуном. Началась длительная эпоха нового, третьего по счету после Минамото и Асикага, сёгуната, токугавского, продолжавшегося вплоть до реставрации 1867 г., «Мэй-дзи исин».

В классической формуле «начал, продолжил, завершил», обычно относимой к оценке деятельности всех трех выдающихся объединителей страны в XVI в., на долю Токугава Иэясу приходится заключительная фаза. Суровой рукой окончательно покорив всех мятежных даймё и объединив страну под своей властью, дом Токугава и прежде всего сам Иэясу приступили к серии реформ, направленных на закрепление успеха. Даймё, которых к тому времени насчитывалось около 200, сохранили некоторые традиционные права, включая суд и административную власть в пределах своего владения, при них остались и их самураи, находившиеся в основном на натуральном довольствии.